南京注冊商標需要去南京的商標局申請。

根據《中華人民共和國商標法》第四條規定：

自然人、法人或者其他組織在生產經營活動中，對其商品或者服務需要取得商標專用權的，應當向商標局申請商標注冊。

本法有關商品商標的規定，適用于服務商標。

根據《中華人民共和國商早逗信標法》第二章關于商標注冊的申請相關規定：

第二十二條 商標注冊申請人應當按規定的商品分類表填報使用商標的商品類別和商品名稱，提出注冊申請。

商標注冊申請人可以通過一份申請就多個類別的商品申請注冊同一商標。

商標注冊申請等有關文件，可以以書面方式或者數據電文方式提出。

第二十三條 注冊商標需要在核定使用范圍之外的商品上取得商標專用權的，應當另行提出注冊申請。

第二十四條 注冊商標需要改變其標志的，應當重新提出注冊申請。

根據《中華人民共和國商標法》第三章的商標注冊的審查和核準相關規定：

第二十八條 對申請注冊的商標，商標局應當自收到商標注冊申請文件之日起九個月內審查完畢，符合本法有關規定的，予以初步審定公告。

第二十九條 在審查過程中，商標局認為商標注冊申請內容需要說明或者修正的，可以要求申請人做出說明或者修正。申請人未做出說明或者修正的，不影響商標局做出審查決定。

第三十條 申請注冊的商標，凡不符合本法有關規定或者同他人在同一種商品或者類似商品上已經注冊的或者初步審定的商標一樣或者近似的，由商標局駁回申請，不予公告。