辦理商標使用許可備案的方式：首先，當事人提交備案表、合同副本、注冊證復印件等材料，自簽訂之日起三個月內，向商標局提出申請。然后，商標局依法進行審查。最后，審查通過的，予以備案。
【法律依據】
《商標使用許可合同備案辦法》第四條
商標使用許可合同自簽訂之日起三個月內，許可人應當將許可合同副本報送商標局備案。
第七條
申請商標使用許可合同備案，應當提交下列書件：
（一）商標使用許可合同備案表；
（二）商標使用許可合同副本；
（三）許可使用商標的注冊證復印件。
第十二條
商標使用許可合同備案書件齊備，符合《商標法》及《商標法實施細則》有關規定的，商標局予以備案。
已備案的商標使用許可合同，由商標局向備案申請人發出備案通知書，并集中刊登在每月第2期《商標公告》上。