祖傳秘方本身是可以申請專利并且獲得專利權的，但是我不建議您申請專利。
專利是以公開技術內容換取法律保護的，您在申請專利的過程中要公開配方、用量、制備方法、使用方法、有效量等等內容，使您無秘可保。
專利申請并不復雜，而且如果有專業人士幫忙，也比較容易授權，只是會使秘方喪失保密性。
合法經營主要是通過進行藥品注冊，但只能以法人名義，而且費用極高，可能還需要臨床試驗。目前藥品轉讓環境不是很理想，我知道有一些已經拿到臨床批文并且獲得專利的藥物都很難轉讓成功，所以建議您還是再考慮一下。
你必須依托正規醫療機構（如果是農村，你們縣醫院就可以），組織藥物臨床試驗，整理出正式試驗結果，也就是效果觀察報告。然后，這將構成你申請材料中最重要的證據。

中華人民共和國知識產權局，上面十分詳細。別嫌麻煩，慢慢看。
http://www.sipo.gov.cn/sipo/zlsq/

申請專利的流程包括：
1）將專利申請文件（發明或實用新型文件包括權利要求書、說明書、說明書附圖、摘要、摘要附圖）、請求書、申請費（即，交給專利局的官費）提交到專利局。
2）官方的受理通知書會在申請日之后兩周內下發，其中列出該專利申請的申請日和申請號，這些都作為未來專利局審查的唯一編號。3）專利局審查，最終合格后發出授權通知書，表明同意授權。
4）申請人進行授權登記后專利授權公告生效。
第三，申請實用新型的標準官費是500，如果符合個人費用減緩條件可減至75；授權登記時還需交納205和授權當年的年費。如委托代理機構還需要額外的代理費。