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1、申請軟件專利后是可以申請軟件著作權(quán)的，此兩者不沖突，可以多方面進行保護。

2、軟件著作權(quán)和專利權(quán)的區(qū)別：
（1）當軟件作品完成后，不論是否進行著作權(quán)登記，著作權(quán)依法產(chǎn)生，但是大家通常為了取得明確的證據(jù)，防止發(fā)生糾紛，申請軟件著作權(quán)登記進行保護。著作權(quán)保護期限為50年，申請登記時間順利的話兩個月即可完成。
（2）專利權(quán)分為發(fā)明專利、實用新型專利、外觀專利，只要比原有產(chǎn)品或技術(shù)更具備有新穎性、創(chuàng)造性和實用性就可以提交申請專利。必須進行申請，且國家知識產(chǎn)權(quán)局專利局審核授權(quán)后才可稱為專利，但是專利審查授權(quán)時間較長，實用新型和外觀專利授權(quán)時間通常為6-8個月，發(fā)明專利授權(quán)一般需要2-3年。
3、因為專利授權(quán)時間較長，可以先申請版權(quán)登記進行保護。但在發(fā)現(xiàn)侵權(quán)時，專利的保護力度和賠償力度大于著作權(quán)，所以不管是否進行著作權(quán)登記，專利申請都不可缺少。