專利代理只包括發明，實用新型與外觀專利的申請，轉讓，復審等程序，您說的版權使用費屬于著作權的保護范圍，不屬于專利代理，要是出現版權使用費的糾紛，屬于民事糾紛，一般可以私下調解，可以找仲裁機構，可以找地方版權管理機關（也就是版權局）處理糾紛，最后實在不行的話就去有管轄權的法院起訴，除了極個別特殊規定，基本所有的糾紛法院都會受理。