一、國家政策依據不同
1、國家高新技術企業認定管理辦法是為扶持和鼓勵高新技術企業的發展，根據《中華人民共和國企業所得稅法》、《中華人民共和國企業所得稅法實施條例》，國家知識產權戰略發展規劃、中國加入國際組織（WTO）等一系列政策的指引與配套政策出臺下誕生，主要是規劃、引導企業的生產、科研、日常制度等規范化，符合國家相關戰略思路。
2、軟件企業認定管理辦法是關于貫徹國務院鼓勵軟件產業和集成電路產業發展若干政策實施意見，進一步推動本市軟件產業和集成電路產業的發展，結合本市實際情況，制定的相關政策。
二、政府審批部門不同
1、高新技術企業認定由各省、自治區、直轄市、計劃單列市科技行政管理部門同本級財政、稅務部門聯合評審；
2、軟件企業由軟件協會負責評審。
三、有效期限和年審規定不同
1、高新技術企業有限期為三年，不用年審，期滿后重新認定。擬認定的高新技術企業每年按照相關規定報統計和科委備案，同時在地方企業所得稅減免所辦理減免備案。
2、軟件企業實行每年年檢，根據軟件企業管理辦法規定的指標和資料，提供相關資料，每年的六月份之前辦理軟件企業年檢，如果通過了，可以享受上一年度的企業所得稅減免，如果沒有通過，不能最享受企業所得稅減免。
四、企業所得稅優惠不同
1、高新技術企業認定后，在地方稅務局備案后，企業所得稅由原先的25%減少為15%。企業需要每年在稅務局做高新技術企業備案，通過后，才能享受到優惠政策。
2、軟件企業認定，在稅務局備案后，自獲利年度起，第一年和第二年免征企業所得稅，第三年至第五年減半征收企業所得稅。享受完五年優惠后，不再享受任何企業所得稅優惠政策（包括高新企業優惠政策），企業所得稅按照25%征收。
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