歐盟商標注冊體系對其成員國商標注冊體系沒有任何影響（包括比、荷、盧商標體系）。企業可以自由選擇申請單獨成員國商標注冊或歐盟商標注冊，也可以二者都申請。大批現有的、已在成員國獲得注冊的商標仍然有效。是完全依賴歐盟商標的保護，還是同時獲得成員國商標和歐盟商標的雙重保護，則完全取決于商標申請人和所有人的戰略需要。
但是，如果成員國的商標注冊先于歐盟商標的注冊，那么成員國商標享有在先權，反之亦然。成員國的工業產權局不會主動審查該在先權。只有在先權擁有人可以提出請求，即通過在歐盟商標公告之日起3個月內提交異議，或根據有關規定在歐盟商標注冊后申請其無效。