1)馬德里注冊需要申請基礎，歐盟注冊不需要;
2)在時間方面，順利的情況下，通過馬德里指定歐盟注冊比直接通過歐盟申請注冊完成所需的時間長。通過馬德里指定歐盟的申請是經我國國家商標局提交至國際局，再由國際局遞交給歐盟內部市場協調局，最后才由內部市場協調局分發給歐盟成員國審查;歐盟申請則是直接將申請提交至歐盟市場協調局，然后分發給各個歐盟成員國審查，馬德里注冊一般是在各成員國收到申請后12～18個月內審查完畢，歐盟注冊一般也是12～18月就可以完成。由于馬德里注冊指定歐盟的申請前期需要經過層層轉交才能到達各歐盟成員國，所以總時間上有半年左右的差距。
3)在注冊證書方面，通過馬德里指定歐盟注冊成功后，國際局不會頒發相應的注冊證書;而通過歐盟直接注冊完成后歐盟內部市場協調局將核發注冊證作為商標的權利憑證。
4)在費用方面，通過馬德里指定歐盟的費用要比直接通過歐盟申請的費用低。
5)就申請程序而言，馬德里注冊指定歐盟的申請前期需要經過層層轉交才能到達各歐盟成員國。