對商標注冊有異議的處理方式：對初步審定公告的商標提出異議的，當事人應當在初步審定公告之日起三個月內向商標局提出書面的異議申請。并且應當提交相關證據。
【法律依據】
《中華人民共和國商標法》第三十三條
對初步審定公告的商標，自公告之日起三個月內，在先權利人、利害關系人認為違反本法第十三條第二款和第三款、第十五條、第十六條第一款、第三十條、第三十一條、第三十二條規定的，或者任何人認為違反本法第四條、第十條、第十一條、第十二條、第十九條第四款規定的，可以向商標局提出異議。公告期滿無異議的，予以核準注冊，發給商標注冊證，并予公告。
第三十五條
對初步審定公告的商標提出異議的，商標局應當聽取異議人和被異議人陳述事實和理由，經調查核實后，自公告期滿之日起十二個月內做出是否準予注冊的決定，并書面通知異議人和被異議人。有特殊情況需要延長的，經國務院工商行政管理部門批準，可以延長六個月。