申請人可以使用英語、法語和德語3種官方語言之一向歐洲專利局(EuropeanPatentOffice，EPO)提出申請。EPO會對與申請的專利性有關的現有技術文件進行檢索，當申請人接到檢索報告(從2005年開始歐洲專利局推出“加強的歐洲檢索”-即在申請日后6個月后與檢索報告一起出具一份關于專利性的簡短書面意見)時，通常需要根據檢索結果來評估其發明的專利性和獲得核準的可能。EPO于優先權日(申請日)起18個月會公開專利申請。申請人應在申請同時或在EPO的檢索報告公布日起6個月內提出實質審查請求。提出實審請求的同時，需從EPO成員國中指定具體成員國，并繳納實審費和指定費。在提出實審后1-3年內會收到EPO的審查意見。
當審查被通過后，歐洲專利局將發出核準通知。申請人同意進入領證階段時，需付領證費并遞交專利申請范圍的其它兩種語言的譯文。同時申請人就必須決定在指定國名單中選擇生效國，通知EPO該專利要在哪些國家生效。確定生效國后，需要將此歐洲專利的全部內容翻譯成該國的語言提交給該生效國，以便此歐洲專利在該國生效。一般成員國要求在核準公告起3個月內完成翻譯工作并在各國生效。在不同國家生效的工作完成后，申請人即擁有不同國家的專利，他們相互獨立，每年各生效國都需繳納年費。
申請歐盟專利時，只要交納7個國家的指定費，就可以將專利申請指定到所有歐盟國家，但是如果想在各個國家得到保護，還必須在各個國家辦理證書手續，重要的是還需要翻譯為各個國家接受的語言，比如在德國必須用德語。
申請歐盟專利的費用是非常昂貴的，基本的申請費加檢索費是1170歐元，實質審查費是1490歐元，加上7個國家的指定費560歐元，那么申請一個歐洲專利需要花費的官費就將近3000歐元，而國外專利律師的代理費還沒有計算，再加上國內代理費，大約需要5-6萬元人民幣。
適用于所有指定締約國內的歐盟專利異議程序是無效歐盟專利的唯一機會，如果喪失該機會，必須在不同的締約國內提起單獨的國內無效訴訟。
歐盟專利在授權后9個月內可以提起異議，官費635歐元。德國專利在授權后3個月內可以提起異議，官費200歐元。
專利的無效費用是相當高昂的，在德國無效一個專利的官費在2萬歐元。而實用新型沒有異議程序，其無效費用較低，僅需要300歐元。
綜上所述，在相應的時間內提起專利異議的費用較低。通過這樣加大成本的方式，使專利無效的提起相對困難，也保障了專利質量。