一、國家政策依據(jù)不同
1、國家高新技術(shù)企業(yè)認定管理辦法是為扶持和鼓勵高新技術(shù)企業(yè)的發(fā)展，根據(jù)《中華人民共和國企業(yè)所得稅法》、《中華人民共和國企業(yè)所得稅法實施條例》，國家知識產(chǎn)權(quán)戰(zhàn)略發(fā)展規(guī)劃、中國加入國際組織（WTO）等一系列政策的指引與配套政策出臺下誕生，主要是規(guī)劃、引導(dǎo)企業(yè)的生產(chǎn)、科研、日常制度等規(guī)范化，符合國家相關(guān)戰(zhàn)略思路。
2、軟件企業(yè)認定管理辦法是關(guān)于貫徹國務(wù)院鼓勵軟件產(chǎn)業(yè)和集成電路產(chǎn)業(yè)發(fā)展若干政策實施意見，進一步推動本市軟件產(chǎn)業(yè)和集成電路產(chǎn)業(yè)的發(fā)展，結(jié)合本市實際情況，制定的相關(guān)政策。
二、政府審批部門不同
1、高新技術(shù)企業(yè)認定由各省、自治區(qū)、直轄市、計劃單列市科技行政管理部門同本級財政、稅務(wù)部門聯(lián)合評審；
2、軟件企業(yè)由軟件協(xié)會負責(zé)評審。
三、有效期限和年審規(guī)定不同
1、高新技術(shù)企業(yè)有限期為三年，不用年審，期滿后重新認定。擬認定的高新技術(shù)企業(yè)每年按照相關(guān)規(guī)定報統(tǒng)計和科委備案，同時在地方企業(yè)所得稅減免所辦理減免備案。
2、軟件企業(yè)實行每年年檢，根據(jù)軟件企業(yè)管理辦法規(guī)定的指標和資料，提供相關(guān)資料，每年的六月份之前辦理軟件企業(yè)年檢，如果通過了，可以享受上一年度的企業(yè)所得稅減免，如果沒有通過，不能最享受企業(yè)所得稅減免。
四、企業(yè)所得稅優(yōu)惠不同
1、高新技術(shù)企業(yè)認定后，在地方稅務(wù)局備案后，企業(yè)所得稅由原先的25%減少為15%。企業(yè)需要每年在稅務(wù)局做高新技術(shù)企業(yè)備案，通過后，才能享受到優(yōu)惠政策。
2、軟件企業(yè)認定，在稅務(wù)局備案后，自獲利年度起，第一年和第二年免征企業(yè)所得稅，第三年至第五年減半征收企業(yè)所得稅。享受完五年優(yōu)惠后，不再享受任何企業(yè)所得稅優(yōu)惠政策（包括高新企業(yè)優(yōu)惠政策），企業(yè)所得稅按照25%征收。
微略通過優(yōu)質(zhì)的知識產(chǎn)權(quán)策劃，對企業(yè)核心技術(shù)的深度研究，并匹配對應(yīng)的數(shù)據(jù)庫進行技術(shù)創(chuàng)新點挖掘，幫助企業(yè)獲得高質(zhì)量的知識產(chǎn)權(quán)，從而順利獲得高新技術(shù)企業(yè)認定資質(zhì)。