1、歐盟商標注冊對商標的顯著性要求很高，共同體27個成員國中只要一個成員國有人提出異議，且異議成立，將導致整個共同體商標注冊被駁回。盡管該駁回商標可以轉換為國家申請，且保留原共同體商標申請日，但申請人還須支付向每個國家的轉換費用。因此，若選用商標的顯著性不是很強，則不適合申請共同體商標注冊。
2、 在內部市場協調局申請共同體商標注冊的時間較難確定，如果一切順利，商標可能在6-12個月內獲得注冊。然而，只要有一個國家提出異議，該商標就不能及時得到注冊，解決異議需花費很長的時間，通常需2年左右時間。