（1）保護范圍不同
馬德里商標保護的范圍以申請人指定的國家為準。申請人可以指定1個國家，也可以指定全部成員國。但是，每指定一個國家，就要承擔相應的費用。
歐盟商標是無論你在27個成員國之中的哪一個國家注冊商標，你的商標都將受到這27個國家的保護。
（2）申請人資格限制不同
馬德里商標的申請人必須是成員國的企業、個人或其他組織，且必須以原屬國已申請或注冊商標為基礎商標，向世界知識產權組織（WIPO）提起申請。
也就是說你必須在國內先注冊好商標，然后才能申請馬德里商標。歐盟商標則沒有限制，任何人都可以提交申請。
（3）本質不同
馬德里商標受保護的國家或地區要相對多一些，一份申請可以指定全部成員國，且申請費用相對于單一國家低一些，在全球使用范圍非常廣泛，我們所說的“國際商標”指的就是馬德里商標。
歐盟注冊商標的保護范圍僅限于歐盟28國家，但申請流程較為簡便且時間相對較短。
（4）注冊時長不同
歐盟商標：平均8個月就可以完成注冊，近期商標注冊時間已縮短到五個月。
馬德里商標：申請商標的注冊時長取決于各國不同立法規定，多數國家所需時間可達18個月之久。
馬德里注冊商標受保護地域范圍廣，一份申請可以指定全部成員國，申請費用相對于單一國家申請較低，因此在全球使用范圍非常廣泛，以至于通常所說的“國際商標”，就是指馬德里商標。
歐盟注冊商標的保護范圍僅限于歐盟28國境內，而且有可能縮減為27國，但相對而言，申請流程較為簡單方便，所需時間較短，申請商標可以很快獲得核準注冊保護，且救濟途徑統一，有利于商標權利保護。