申請歐盟商標的流程分為提交商標申請、商標審查、公開申請以及異議、注冊及公開。
申請人向歐盟知識產權局申請分為在線申請和紙質申請，歐盟知識產權局在收到申請后，將進行審查，發現存在問題的商標申請文件通知申請人在2個月內補正。未在規定時間內進行補正的，視為放棄該商標申請;經過歐盟知識產權局審查不存在問題的商標文件，注冊申請將被公開在歐盟商標公報上。
在商標公告期內，任何人認為申請注冊的商標損害其在先權利的，可以在申請公開1個月后的3個月內提出異議，歐盟知識產權局將組織雙方程序并將最終做出決定。不服歐盟知識產權局最終決定的，可以按照上段步驟進行上訴。任何人認為申請注冊的商標不符合商標注冊條件的，可以向歐盟知識產權局提出意見，提出意見不用付費，歐盟知識產權局將告知申請人，并予以考慮。
如果在規定時間內無人提出異議或意見或，或者異議或意見不成立的，歐盟知識產權局將進行注冊、在歐盟商標公報上公開并發給電子注冊證，商標注冊完成。