新《商標法》規定了商標侵權糾紛自行協商解決的程序，其目的：
一是鑒于有些侵權行為僅僅侵犯了注冊人的利益，并未給他人帶來損害，注冊人自行協商，可化解因此產生的爭議。
二是可適當減少商標糾紛當事人為解決糾紛所投入的精力。
三是當事人通過協商減少商標案件數量，使執法部門更有效地利用好現有的執法資源。但應當注意，自行協商的商標侵權糾紛首先是未構成刑事犯罪行為的糾紛，對以假冒他人注冊商標為主業且數額達到犯罪立案標準的行為人，必須追究刑事責任。
其次，自行協商解決的糾紛案件，其侵權行為一般情節比較輕微，后果不嚴重，可以免予行政處罰，即行政責任可予以免除。
第三，對侵權行為的查處主要目的是保護權利人的民事權益不受侵害，協商解決即意味著權利人自己已經認為未對本權利造成危害或者危害后果不嚴重，從而放棄了對侵權人追究民事責任的權利。
在執法實踐中可按如下原則掌握：
1、除商標注冊人投訴的案件外，一般情況下，工商機關查辦的商標侵權案件，不主動要求當事人進行協商。如果當事人主動要求協商，可給其一定的期限自行協商，到期未提供已經協商解決的證據，則宜按照商標侵權案件進行行政處理。
2、工商機關接受商標權利人投訴的案件，應當視為權利人已經放棄協商或者已經協商不成了，立案工商部門不再主動進行當事人之間的協商和解工作。
3、就商標糾紛已經立案的工商機關，應涉案當事人請求，在未就該案件做出行政處理決定之前，涉案當事人又經協商同意和解的，若其和解未危害社會公共利益，工商機關可以應其書面請求做出撤案(銷案)處理。