首先我們應該知道，馬德里商標是目前覆蓋國家最多的商標注冊途徑之一，申請人可以把在本國注冊的商標擴大保護到指定成員國。而歐盟商標，就只能在歐盟28個成員國使用，范圍是小于馬德里商標的。
但是雖然單一注冊是以歐盟注冊為典型的，但是歐盟商標體系卻從來沒有取代單一注冊，申請人還是可以直接向某個國家提交申請，注冊該國的商標。
而歐盟商標和馬德里商標的區別只要有以下三點：
1、歐盟國家受到保護的范圍有28個成員國，當然，如果未來有加入歐盟的國家，那么歐盟商標也會自動延伸保護該國家的。而馬德里商標受到保護的范圍則是以申請人指定的國家為限，而馬德里成員國也包括了歐盟地區的成員國。
2、對于歐盟商標來說，申請人是沒有資格限制的，任何人都可以提交申請。而馬德里商標不同，申請人必須是成員國的企業或個人，而且申請人原屬國必須要已經申請或有注冊商標為基礎，才能向世界知識產權組織提出申請。就比如，我國有申請人向申請馬德里商標，那么在我國申請人必須要已經取得了商標注冊證，或者是得到商標受理通知書。
3、歐盟商標的商標注冊時間很短，大概5-8個月就完成了。而馬德里商標的申請時間沒有固定，需要根據各國不同的規定商標注冊時間也不同，而且大部分國家的商標注冊時間可長達18個月。
其實不管是歐盟商標還是馬德里商標，都有各自的好處，而且比較的好一點就是，馬德里商標只需要一份申請就可以指定多個國家甚至是全部成員國，而且申請費用也只有一份，比較低。所以，對于要想注冊更多國家商標的申請人來說，馬德里申請比較好。要是只注冊幾個成員國的商標，那么可以選擇歐盟商標申請。
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