商標侵權糾紛的處理辦法：一般情況下，可以由當事人自行和解。若無法和解的，可以根據仲裁條款或仲裁協議進行仲裁，若無法仲裁的，可以申請第三方介入調解，調解不成的，可以提起訴訟。
【法律依據】
《中華人民共和國商標法》第六十條
有本法第五十七條所列侵犯注冊商標專用權行為之一，引起糾紛的，由當事人協商解決；不愿協商或者協商不成的，商標注冊人或者利害關系人可以向人民法院起訴，也可以請求工商行政管理部門處理。
工商行政管理部門處理時，認定侵權行為成立的，責令立即停止侵權行為，沒收、銷毀侵權商品和主要用于制造侵權商品、偽造注冊商標標識的工具，違法經營額五萬元以上的，可以處違法經營額五倍以下的罰款，沒有違法經營額或者違法經營額不足五萬元的，可以處二十五萬元以下的罰款。對五年內實施兩次以上商標侵權行為或者有其他嚴重情節(jié)的，應當從重處罰。銷售不知道是侵犯注冊商標專用權的商品，能證明該商品是自己合法取得并說明提供者的，由工商行政管理部門責令停止銷售。